Si ha notizia del castello dal X secolo, ma l’espansione del borgo lungo il fiume data al XIII. Quillan è uno dei paesi teatro della crociata contro gli albigesi. Il suo castello (sul versante orografico sinistro, di fronte al centro storico), dipendenza dell’arcivescovo di Narbona, era tenuto dal vassallo Raymond de Niort, scomunicato come cataro. Il castello fu confiscato da Simon de Montfort e restituito all’arcivescovo solo nel 1280. I ruderi visibili oggi risalgono al XIV secolo. Il paese fu centro protoindustriale, per la presenza di opifici e mulini. Lungo il fiume veniva inoltre fluitato il legname delle foreste pirenaiche, fino al Canal du Midi. Nel XIX secolo ebbe il suo momento di gloria industriale grazie alla produzione di cappelli di feltro.